In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurden - wie in vielen anderen deutschen Ländern auch - unter dem Einfluss Preußens die lutherische und die reformierte Kirche vom Staat zwangsweise vereinigt. Bewusst lutherische Christen widersetzten sich dieser erzwungenen Union: Pastoren mit ihren Gemeinden, aber auch einzelne Gemeindeglieder und ganze Familien traten aus den evangelischen Landeskirchen aus, die Pastoren wurden ihrer Ämter enthoben und z.T. staatlich verfolgt.

In Niederhessen entstand diese "Renitenz" 1873 anlässlich eines Missionsfestes in Melsungen; 43 Pfarrer aus Niederhessen schlossen sich dieser Bewegung an. Als ihre Führer taten sich besonders Wilhelm Villmar aus Melsungen und Friedrich-Wilhelm Hoffmann aus Felsberg hervor. Letzter zog 1874 zwangsweise nach Homberg und sammelte hier und in der Umgebung eine kleine Gemeinde. 1878 schloss sich die Gemeinde der "Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche in den hessischen Landen" (Hessen-Darmstadt) an.

Zunächst wurden die Gottesdienste in einem Privathaus gehalten, 1885 konnte die Gemeinde das große Haus in der Bergstr. 17 erwerben. Nach einer grundlegenden Renovierung ist das Fachwerkhaus, dessen ältester Teil 1508 erbaut wurde, seit 1985 "Lutherisches Jugendgästehaus" der SELK. (www.lutherisches-jugendgaestehaus.de)
Von 1911-47 wurde die Gemeinde von auswärtigen Pfarrern versorgt, besonders aus Breitungen in Thüringen. Als dies nach dem 2. Weltkrieg nicht mehr möglich war, bekam die Gemeinde wieder einen eigenen Pfarrer.
1988/89 wurde die Homberger Kirche von Grund auf renoviert und erweitert. Nach dem Einbau von bunten Glasfenstern mit Szenen aus dem Leben des Apostels Petrus trägt sie den Namen "Petrus-Gemeinde".

1972 schlossen sich die verschiedenen freien (=selbstständigen) lutherischen Kirchen in der Bundesrepublik Deutschland zur "Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche" (SELK) zusammen. 1991 schloss sich ihr auch die Ev.-luth. (altluth.) Kirche der ehemaligen DDR an.

Die SELK ist Körperschaft des öffentlichen Rechts. Sie ist unabhängig vom Staat, d.h. z.B., dass die Gemeindeglieder an Stelle von Kirchensteuern die Arbeit ihrer Kirche und Gemeinden durch freiwillige Beiträge finanzieren.

Von Anfang an eng verbunden mit der Homberger Petrus-Gemeinde ist die Gemeinde Verna (Ortsteil von Frielendorf). Ihre Gemeindeglieder nehmen am Gemeindeleben in Homberg teil.